เพื่อให้การดำเนินงานและการบริหารจัดการธนาคารสมองบรรลุวัตถุประสงค์และ เป้าหมายที่กำหนดอย่างมีประสิทธิภาพ  คณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติจึงแต่งตั้งคณะอนุกรรมการอำนวยการธนาคารสมองขึ้นในคำสั่งที่ 6/2549  เมื่อวันที่ 14 พฤศจิกายน 2549

เนื่องจากมีการปรับเปลี่ยนองค์ประกอบในคณะอนุกรรมการอำนวยการธนาคารสมอง และเปลี่ยนแปลงอำนาจหน้าที่ความรับผิดชอบภายในสำนักงานคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ จึงได้แต่งตั้งคณะอนุกรรมการอำนวยการธนาคารสมองชุดใหม่ขึ้นในคำสั่งที่ 1/2557 เมื่อวันที่ 28 กุมภาพันธ์ 2557  โดยมี ฯพณฯ พลอากาศตรีกำธน  สินธวานนท์  องคมนตรี  เป็นประธานที่ปรึกษา  นายสุเมธ  ตันติเวชกุล และนายพารณ อิศรเสนา ณ อยุธยา เป็นที่ปรึกษา  และนายกิติศักดิ์ สินธุวนิช  เป็นประธานอนุกรรมการ
          ทั้งนี้คณะอนุกรรมการอำนวยการธนาคารสมอง  มีอำนาจหน้าที่ ดังนี้

             1) วางกรอบทิศทางนโยบายและกำหนดยุทธศาสตร์การขับเคลื่อนงานธนาคารสมองเพื่อส่งเสริมและสนับสนุนให้วุฒิอาสาธนาคารสมองได้นำความรู้ ประสบการณ์ ความเชี่ยวชาญ มาร่วมเป็นพลังขับเคลื่อนการพัฒนาประเทศอย่างมีประสิทธิภาพและประสิทธิผล

            2) ให้คำปรึกษาและข้อเสนอแนะต่อการดำเนินมาตรการ แผนงานเชิงรุกที่สามารถเชื่อมโยงบทบาทวุฒิอาสาธนาคารสมองมาใช้ประโยชน์อย่างเต็มที่ ตลอดจนผลักดันเสริมสร้างเครือข่ายวุฒิอาสาธนาคารสมองให้เกิดการทำงานที่เชื่อมโยงกับภาคีเครือข่ายด้านต่างๆ ทั้งในส่วนกลางและในพื้นที่ชุมชน

         3) กำกับ ติดตาม ประเมินผลการดำเนินงานธนาคารสมอง และให้ข้อเสนอแนะเพื่อการปรับปรุงประสิทธิภาพและยกระดับคุณภาพงานธนาคารสมอง

            4) แต่งตั้งคณะทำงานเพื่อดำเนินการในเรื่องที่คณะอนุกรรมการอำนวยการธนาคารสมอง มอบหมาย

            5) รายงานผลการดำเนินงานให้คณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติทราบเป็นระยะ

             6) ปฏิบัติงานอื่นใดตามที่คณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติมอบหมาย

             นอกจากนี้ สศช.  ได้มีการกำหนดโครงสร้างองค์กร  โดยการจัดตั้ง "กลุ่มงานประสานและอำนวยการธนาคารสมอง"  ซึ่งเป็นกลุ่มภารกิจเฉพาะที่รับผิดชอบงานธนาคารสมอง  โดยมีหน้าที่รับผิดชอบ  ดังนี้

               1) เป็นหน่วยทะเบียนกลางธนาคารสมองในการรวบรวมข้อมูลผู้ที่เกษียณอายุแล้วจากภาครัฐและเอกชนที่มีความพร้อมจะอาสาทำงานเพื่อประเทศโดยไม่หวังผลตอบแทนทางธุรกิจ  โดยจัดทำบัญชีหรือทำเนียบผู้ทรงคุณวุฒิจำแนกตามประสบการณ์ความเชี่ยวชาญ  ตลอดจนความสนใจที่จะให้ความช่วยเหลือในสาขาพัฒนาต่าง ๆ ในแต่ละภูมิภาค  รวมทั้งปรับปรุงทะเบียนข้อมูลวุฒิอาสาให้เป็นปัจจุบันทุก ๆ ปี
               2) ประสานเชื่อมโยงเครือข่ายต่าง ๆ เพื่อให้วุฒิอาสาได้ทำงานสอดคล้องกับความต้องการขององค์กรหรือชุมชนต่าง ๆ
               3) ศึกษา วิเคราะห์เพื่อกำหนดกลยุทธ์การทำงาน  เพื่อให้วุฒิอาสาได้นำความรู้  ประสบการณ์  ความเชี่ยวชาญมาช่วยงานเพื่อประโยชน์ส่วนรวมในการพัฒนาประเทศอย่างกว้างขวางและเกิดประโยชน์สูงสุด
               4) เป็นตัวกลางประสานให้ฝ่ายที่ขอรับความช่วยเหลือได้พบและทำความตกลงในรายละเอียดเกี่ยวกับวิธีการทำงานกับวุฒิอาสา ตลอดจนค่าใช้จ่ายที่จำเป็น
               5) ติดตาม ประเมินผล  การดำเนินงานของวุฒิอาสา  เพื่อนำมาปรับปรุงประสิทธิภาพการดำเนินงานให้บรรลุผลตามวัตถุประสงค์ของการจัดตั้งธนาคารสมอง
               6) ประสานการจัดประชุมหารือระดมความคิดเห็นของวุฒิอาสากลุ่มต่าง ๆ 
               7) ประชาสัมพันธ์เพื่อเผยแพร่ผลการดำเนินงานของวุฒิอาสาให้เป็นที่รุ้จักแพร่หลาย  และสร้างสื่อประชาสัมพันธ์เพื่อกระตุ้นความสนใจของกลุ่มเป้าหมายต่าง ๆ ให้มาใช้บริการจากธนาคารสมองเพิ่มขึ้น
               8) เป็นฝ่ายเลขานุการคณะอนุกรรมการอำนวยการธนาคารสมอง

           จากแนวทางการดำเนินงานของธนาคารสมองที่มุ่งเน้นการสร้างเครือข่ายการทำงานร่วมกับส่วนราชการต่าง ๆ ทั้งในระดับกระทรวง  ระดับกรม และในระดับพื้นที่  ตลอดจนทำงานประสานเชื่อมโยงกับมูลนิธิ  องค์กรพัฒนาเอกชน (NGO) ต่าง ๆ  ที่ทำงานเชิงอาสาสมัคร  ดังนั้นจึงได้มีการกำหนดกลไกการประสานงานกับธนาคารสมองดังนี้
               1) ระดับกระทรวง  กรม  โดยแต่ละกระทรวงจะมีการจัดตั้งคณะกรรมการประสานงานเครือข่ายธนาคารสมอง  โดยมอบหมายให้รองปลัดกระทรวงเป็นประธานและมีผู้แทนจากกรมต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องร่วมเป็นกรรมการ  เพื่อพิจารณาแผนงาน/โครงการ ที่หน่วยงานในสังกัดมีความประสงค์จะให้วุฒิอาสาเข้าไปให้ความช่วยเหลือ  ทั้งนี้เครือข่ายระดับกระทรวงสามารถ Online เข้ามาในระบบฐานข้อมูลของธนาคารสมองเพื่อค้นหารายชื่อวุฒิอาสาที่มีคุณสมบัติตรงตามความต้องการ  โดยแต่ละกระทรวงสามารถประสานโดบตรงกับวุฒิอาสาหรือให้ธนาคารสมองเป็นผู้ประสานกับวุฒิอาสา
               2) ระดับพื้นที่  เนื่องจากในขณะนี้ได้มีการสร้างเครือข่ายการทำงานของวุฒิอาสาในแต่ละจังหวัดทั่วประเทศ  ประกอบกับ สศช. มีสำนักพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมในแต่ละภูมิภาคที่จังหวัดเชียงใหม่  ขอนแก่น  และสงขลา  ดังนั้นเพื่อให้วุฒิอาสาสามารถนำความรู้และประสบการณ์เข้าไปช่วยสนับสนุนภารกิจที่เป็นประโยชน์แก่หน่วยงานและองค์กรต่าง ๆ  ทั้งในระดับจังหวัด  อำเภอ  และตำบล  อย่างมีประสิทธิภาพ  จึงได้มีการสร้างเครือข่ายการทำงานร่วมกับจังหวัดต่าง ๆ  โดยจัดตั้งคณะกรรมการระดับจังหวัดขึ้น  มีผู้ว่าราชการจังหวัดเป็นประธานและมีผู้แทนจากหน่วยงานต่าง ๆ ทั้งภาครัฐและเอกชน และวุฒิอาสาธนาคารสมองร่วมเป็นกรรมการ  โดยมีสำนักงานจังหวัดและสำนักพัฒนาภาคฯ ของ สศช. เป็นฝ่ายเลขานุการร่วม  เพื่อพิจารณาแผนงาน/โครงการทั้งในลักษณะเชิงรับและเชิงรุกที่จะนำความรู้ ประสบการณ์ ความเชี่ยวชาญของวุฒิอาสามาร่วมเป็นพลังในการพัฒนาท้องถิ่นให้เกิดประโยชน์สูงสุด  โดยเครือข่ายในระดับจังหวัดสามารถเข้ามาในระบบฐานข้อมูลของธนาคารสมอง  จึงสามารถค้นหารายชื่อของวุฒิอาสาและประสานงานกับวุฒิอาสาได้เช่นเดียวกับในระดับกระทรวง  ทั้งนี้สำนักงานจังหวัดจะให้ความอนุเคราะห์สิ่งอำนวยความสะดวกที่จำเป็นเพื่อสนับสนุนการปฏิบัติงานของวุฒิอาสาธนาคารสมอง  อาทิ  สถานที่ประชุมและเจ้าหน้าที่ธุรการ  โดยธนาคารสมองจะร่วมสนับสนุนค่าตอบแทนใช้สอยที่จำเป็น  อาทิ  ค่าเบี้ยเลี้ยงในการเดินทางไปปฏิบัติภารกิจของวุฒิอาสาในพื้นที่ต่าง ๆ  ค่าน้ำมันเชื้อเพลิง  ค่าทำงานล่วงเวลาของเจ้าหน้าที่ธุรการ  เป็นต้น